رییس سازمان اوقاف به لحاظ اینکه «تصدی اموری که در سازمان موکول به اذن ولی فقیه است» را بر عهده دارد و همچنین لزوم تایید مقام رهبری برای انتصاب او لازم است، از جمله سازمانها و دستگاههایی به شمار میرود که زیرنظر مقام رهبری است و به همین لحاظ برای تحقیق و تفحص از آن، مجلس نیازمند اذن از سوی مقام رهبری خواهد بود.