حضرت آیت‌الله خامنه‌ای دو ویژگی برجسته علامه طباطبایی را مورد اشاره قرار دادند و افزودند: یکی از این ویژگی‌ها، جهاد علمی کم نظیر و تشکیل یک پایگاه فکری مستحکم با رویکرد تهاجمی، در بحبوحه تهاجم اندیشه‌های وارداتی و بیگانه و شبهه افکنی‌ها بود که دو اثر «اصول فلسفه و روش رئالیسم» و «تفسیر المیزان» نمونه‌هایی از این جهاد علمی هستند.